Urodzona w Katowicach, ukoń­czyła z wyróż­nie­niem Państwowe Liceum Muzyczne w kla­sie orga­nów Moniki Dąbrowskiej. Studiowała organy pod kie­run­kiem prof. Magdaleny Czajki i prof. Juliana Gembalskiego. W 2002 roku ukoń­czyła Akademię Muzyczną im. Fryderyka Chopina w Warszawie uzy­sku­jąc dyplom z wyróż­nie­niem i tytuł magi­stra sztuki na pod­sta­wie wyko­na­nych reci­tali oraz pracy dyplo­mo­wej na temat „Ochrona i kon­ser­wa­cja orga­nów w Polsce – pro­ble­ma­tyka” (pro­mo­tor — prof. Jerzy Gołos).

Studia w dzie­dzi­nie Ochrony Dóbr Kultury o spe­cjal­no­ści kon­ser­wa­tor­stwo odbyła w latach 1999–2004 na Wydziale Sztuk Pięknych Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu. Egzamin magi­ster­ski w stycz­niu 2005 r. połą­czony był z pre­zen­ta­cją osiem­na­sto­wiecz­nego pozy­tywu szka­tul­nego, któ­rego bada­nia, doku­men­ta­cja i pro­jekt kon­ser­wa­cji były tema­tem pracy, zaś prze­pro­wa­dzona kon­ser­wa­cja – dodat­ko­wym dzia­ła­niem na rzecz oca­le­nia instrumentu.

W marcu 2011 roku Małgorzata Trzaskalik-Wyrwa uzy­skała sto­pień dok­tora w dzie­dzi­nie sztuk muzycz­nych, dys­cy­pli­nie instru­men­ta­li­styka, w spe­cjal­no­ści gra na orga­nach. Rozprawę dok­tor­ską poświę­ciła zagad­nie­niom kom­pro­misu w wyko­naw­stwie muzycz­nym i twór­czo­ści orga­no­wej i kame­ral­nej Josefa Gabriela Rheinbergera.

Jest lau­re­atką II miej­sca w Ogólnopolskich Przesłuchaniach Uczniów Klas Organów we Wrocławiu (1996) oraz II nagrody w Międzynarodowym Konkursie Muzyki Organowej w Rumii (1999). Brała udział w wielu kur­sach i festi­wa­lach muzyki orga­no­wej w Polsce i za granicą.

Dwukrotnie była sty­pen­dystką Ministra Kultury w dzie­dzi­nie ochrony dóbr kul­tury (2003 i 2004) w związku z reali­zo­wa­nym pro­gra­mem kata­lo­go­wa­nia orga­nów w Diecezji Siedleckiej.

Od 2002 roku jest pra­cow­ni­kiem Kurii Diecezjalnej Siedleckiej peł­niąc funk­cję wizy­ta­tora orga­ni­stów oraz rze­czo­znawcy do spraw instru­men­tów orga­no­wych. Z ramie­nia Kurii oraz Wojewódzkich Urzędów Ochrony Zabytków pro­wa­dziła nad­zory kon­ser­wa­tor­skie przy remon­tach zabyt­ko­wych organów.

Od 2000 roku jest wykła­dowcą orga­no­znaw­stwa i gry na orga­nach w Diecezjalnym Studium Muzyki Kościelnej w Siedlcach, gdzie od lipca 2004 roku pełni funk­cję dyrektora.

Małgorzata Trzaskalik Wyrwa jest rów­nież pre­ze­sem Stowarzyszenia PRO MUSICA ORGANA zaj­mu­ją­cego się popu­la­ry­za­cją orga­nów i muzyki orga­no­wej, ze szcze­gól­nym uwzględ­nie­niem upo­wszech­nia­nia pro­ble­ma­tyki zwią­za­nej z ochroną i kon­ser­wa­cją zabyt­ko­wych instru­men­tów. W ramach dzia­łal­no­ści w Stowarzyszeniu orga­ni­zuje Jesienno-zimowe Koncerty Organowe w Katowicach-Brynowie (1999–2013), Międzynarodowe Warsztaty Organowe na Dolnym Ślą­sku oraz kon­fe­ren­cje, kursy i panele dys­ku­syjne na temat ochrony i opieki nad zabyt­ko­wymi instrumentami.

W latach 2008–2010 uczest­ni­czyła w mię­dzy­na­ro­do­wym pro­jek­cie badaw­czym doty­czą­cym zacho­wa­nych instru­men­tów Joachima Wagnera, zwią­za­nym z pro­wa­dzo­nymi pra­cami kon­ser­wa­tor­skimi przy odna­le­zio­nych w Pruszynie koło Siedlec orga­nach tego autora z lat 1744–45 posia­da­ją­cych uni­ka­towy, zacho­wany w ory­gi­nal­nym sta­nie nie­zmie­nio­nym sys­tem trans­mi­sji. Obecnie wła­ści­cie­lem zabytku jest Diecezja Siedlecka. Prace zakoń­czyły się w grud­niu 2010 roku i od tej pory instru­ment ten cie­szy się boga­tym życiem kon­cer­to­wym ani­mo­wa­nym przez Stowarzyszenie PRO MUSICA ORGANA.

Od 2006 roku Małgorzata Trzaskalik-Wyrwa pro­wa­dzi wykłady z orga­no­znaw­stwa i kame­ra­li­styki orga­no­wej na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie.